La seduta di Agopuntura fa sempre seguito a una prima visita, durante la quale si valutano le condizioni generali del paziente, la sua storia clinica ed eventuali referti diagnostici. Si conduce inoltre un esame obiettivo, secondo i principi della Medicina Tradizionale Cinese e le informazioni diagnostiche vengono integrate a quelle ottenute dal Veterinario curante.

La prima visita è molto importante per instaurare un rapporto con il paziente e costruire una relazione basata sulla fiducia. In alcuni casi può capitare che l'animale sia restio a tollerare l'inserimento degli aghi e sebbene si possano utilizzare tecniche alternative, l'approccio iniziale è fondamentale. Personalmente, durante la prima visita non utilizzo aghi o ne utilizzo pochissimi, privilegiando tecniche meno invasive, per introdurre l'utilizzo degli aghi gradualmente in un secondo momento.

Sulla base di quanto emerso nella prima visita, si impostano le sedute successive, il cui numero e frequenza varia a seconda della patologia da trattare, della tipologia di paziente e del grado di risposta individuale. Non esiste una regola fissa e uguale per tutti. Si utilizzano aghi usa e getta, di varie tipologie e dimensioni, infissi in punti precisi definiti Agopunti, che possono variare di seduta in seduta o essere mantenuti costanti. Oltre agli aghi possono essere impiegati anche altri strumenti, quali ad esempio i sigari di Moxa (sigari a base di Artemisia che vengono avvicinati all'area da trattare, il cui effetto principale si esplica attraverso il calore emanato), da usarsi soli o in associazione agli aghi stessi. Anche il numero di aghi è variabile e viene valutato di seduta in seduta.

​L'applicazione più conosciuta dell'Agopuntura è sicuramente nelle patologie muscolo-scheletriche e nelle problematiche correlate alla senescenza. Tuttavia, può essere utilizzata anche nella terapia del dolore, come supporto all'anestesia, nei disturbi della sfera riproduttiva, nelle patologie endocrine, in supporto alla terapia oncologica, nei problemi respiratori, nelle patologie allergiche e autoimmuni, negli stati infiammatori e anche nei problemi comportamentali.
Quest'ultimo aspetto è stato ampiamente esplorato in Medicina Umana, con numerosi studi in campo psicologico, ad esempio sui disturbi ansiosi, sulle dipendenze, sulla depressione e sulle alterazioni del ritmo sonno-veglia. In Veterinaria sono ancora agli albori, ma hanno dato risultati incoraggianti e pertanto spesso propongo l'Agopuntura anche come parte integrante della terapia comportamentale.
A scopo preventivo, l'Agopuntura può inoltre trovare applicazione nel miglioramento della performance degli animali sportivi, da lavoro e da reddito.

Può essere utilizzata da sola o in associazione ad altre terapie, a seconda dei casi e ovviamente dopo aver valutato tutte le alternative praticabili. Spesso si è osservata la possibilità di ridurre l'utilizzo di altri farmaci o di dilatare i tempi tra le somministrazioni, negli animali trattati anche con Agopuntura.